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Microbiote

Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes vivant en symbiose dans et sur le corps humain. Ce microbiote est composé de plusieurs groupes de micro-organismes, principalement des bactéries (99,6%), mais aussi des virus et des champignons

Maintenir un bon microbiote :

Microbiote unique

Les 2 histogrammes bleu à gauches concernent des transplantations de microbiote fécal et les deux oranges de droite des traitements antibiotiques.

Potentiel microbiote

Acquisition microbiote

Évolution microbiote

L’histogramme ci-contre présente le taux de guérison sans récidive chez des patients souffrant de diarrhées chroniques provoquées par Clostridium difficile

(Avec exemples).

RÔLES MICROBIOTE :

Aide digestion :

Aide immunitaire :

chaque individu a un microbiote unique (en quantité et qualité c’est-à-dire en composition des communautés de microorganisme) et chaque partie du corps possède également ses propres associations microbiennes.


Un humain possède 21 000 gènes. On a mesuré que le microbiote de chaque humain contient 25 fois plus de gènes que le génome humain soit environ 500 000 gènes. Le potentiel fonctionnel de ces bactéries intestinales est donc énorme. La plupart des gènes séquencés ont une fonction actuellement inconnue.


Le microbiote que nous possédons est d’abord acquis à la naissance et provient de la mère : au moment de l’accouchement le bébé se contamine au contact du microbiote vaginal maternel, puis au contact du microbiote de la peau des parents. Enfin le microbiote intestinal est fortement influencé par l’alimentation notamment l’allaitement (lait + succion de l’aréole du sein).


Le microbiote évolue et modifie sa composition sous l'influence de la diversification alimentaire (en particulier la richesse en fibres), de la physiologie (hormones sexuelles, ...), du niveau d'hygiène, des traitements médicaux (en particulier antibiotiques) reçus et de l'environnement (animaux, frères et sœurs,...). La composition des microbiotes va évoluer rapidement qualitativement et quantitativement pendant les premières années de vie. Puis à partir de 3-4 ans, la composition qualitative et quantitative du microbiote se stabilise (il peut toujours changer mais moins vite). Il peut ainsi rester stable des dizaines d’années car le microbiote est résilient : après une perturbation (antibiotiques), il revient la plupart du temps à un état fonctionnel

Le microbiote de souris obèses a été transféré à des souris axéniques (= privées de leur microbiote). Ces dernières prennent 2x plus de poids que les souris témoins colonisées avec le microbiote de souris non obèses et soumises au même régime alimentaire.

La transplantation de microbiote fécal (TMF) consiste à transférer par voie nasale ou rectale le microbiote prélevé dans les selles d’individus sains. La transplantation de microbiote fécal (TMF) consiste à transférer par voie nasale ou rectale le microbiote prélevé dans les selles d’individus sains.

Traitement expérimental de l’obésité à partir d’une bactérie : Expériences menées sur des souris (Université de Louvain – Belgique)


a. Des souris ont été nourries avec un régime très gras jusqu’à ce qu’elles deviennent obèses. On a constaté que leur microbiote présentait 100 fois moins de bactéries Akkermansia muciniphila que des souris saines.


b. Deux groupes de souris obèses ont ensuite été nourris normalement. L’un d’eux a ingéré en plus une solution contenant ces bactéries Akkermansia muciniphila. On a constaté que la masse graisseuse des souris de ce groupe était deux fois plus faible que dans l’autre groupe. On a également constaté une diminution du taux de cholestérol, de la glycémie et des inflammations du tube digestif


Les antibiotiques tuent les bactéries responsables d’une infection bactérienne (par ex. une salmonellose, infection alimentaire causée par la bactérie Salmonella thyphimurium), mais déclenchent fréquemment des diarrhées. Dans 5 à 15% des cas, elles sont causées par la bactérie Clostridium difficile, résistante à de nombreux antibiotiques. La présence de cette bactérie est normalement asymptomatique si le microbiote est sain, mais en cas de déséquilibre causé par le traitement antibiotique elle peut proliférer et causer les diarrhées.


-—> se laver plusieurs fois les mains par jour et utilisent notamment des solutions hydoalcooliques. Il a été montré que ces mesures éliminent les agents pathogènes mais son utilisation répétée détruit également le microbiote de la peau. La barrière microbiotique cutanée se trouve donc affaiblie comme la bactérie Staphyloccocus epiderdimis au profit de bactéries opportunistes pathogène comme Staphilococcus aureus (le staphylocoque doré).

On en trouve dans l’intestin, les muqueuses (la bouche, le vagin, l’urètre, ...) sur la peau...On estime à 10puissance11 micro-organismes (100 000 000 000 = Cent milliards) sur notre peau mais l’essentiel (jusqu’à 1000 fois plus) se trouve dans notre intestin grêle et dans notre colon : 10puissance14 micro-organismes pour une masse estimée de 2 kg !

Le microbiote facilite la digestion, l’assimilation et le stockage des nutriments, la production de vitamines B et K. En laboratoire les souris axéniques (sans microbiote) ont besoin de 30% d’apports alimentaires en plus pour obtenir la même quantité d’énergie.


Parmi les glucides d’origine végétale, les sucres simples comme le lactose (sucre du lait,)le saccharose (le « sucre de table ), peuvent être décomposés par nos enzymes digestives. Mais, contrairement aux autres aliments, les « sucres complexes » ou « fibres alimentaires » ne sont pas digérées par nos propres enzymes digestives mais au niveau du colon sous l’action du microbiote qui produit des enzymes adéquates pour digérer les sucres complexes comme la cellulose .

Ces fibres sont contenues dans les fruits & légumes. Ce régime alimentaire nourrit le microbiote et assure ainsi une plus grande biodiversité du microbiote. Une étude parue dans the lancet recommandait une consommation de fibre d’au moins 25g par jour .

Des bactéries du microbiote intestinal comme Escherichia coli occupent le même milieu de vie et se nourrissent des mêmes substances que les bactéries pathogènes : Ils entrent donc en compétition, en concurrence, ce qui limite leur implantation. De plus elles luttent directement contre ces pathogènes en produisant des molécules bactéricides (les bactériocines).

Les études ont montré qu’un microbiote diversifié améliorait la maturation du système immunitaire qui apprend au contact de ces bactéries symbiotiques à reconnaitre amies et ennemis. De plus sans microbiote le nombre de lymphocytes actifs dans la défense au niveau des intestins est divisé par 5, il stimule donc le système immunitaire.

Certaines bactéries du microbiote produisent des substances antiinflammatoires ce qui protège des allergies