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Transcript

La diversité des individus au sein d'une espece
L'exemple des coccinelles arlequins

INTRO

Réalisé à partir du travail de
Stéphane Varaire. Merci

Tout le monde connait la coccinelle à 7 points Coccinella septempunctata, une grande habituée de nos jardins...


Mais connaissez-vous les coccinelles arlequins ?

Il s'agit de coccinelles présentant des motifs variés sur leur élytres (la carapace protégeant leurs ailes).

Il s'agit d'un bon exemple de diversité des êtres vivants...

Les objectifs ce travail sont de :

- Savoir s'il s'agit de variations intraspécifiques (au sein d'une même espèce) ou spécifiques (plusieurs espèces différentes).
- Savoir si les coccinelles arlequins sont de la même espèce que Coccinella septempunctata.
- Connaitre l'origine précise de cette variabilité.

Direction le labo

La notion d'espèce

Faire des

croisements

Localiser et

inactiver
des gènes

Séquencer l'ADN

Retour à l'intro

Rappels de génétique

L’ADN est le support de l’information génétique. Il constitue le génome de tous les êtres vivants (bactéries, champignons, animaux, végétaux…).

Le génotype des êtres vivants est l’ensemble de leurs gènes (30.000 gènes chez l’Homme).

Gène : fragment de la molécule d’ADN (une séquence de nucléotides) qui porte une information codée pouvant contrôler un aspect de l’activité de la cellule, un caractère donné d’un individu ... (exemple : gène des groupes sanguins). En moyenne un gène fait 100.000 paires de nucléotides.

Un gène peut avoir différentes versions appelées allèles. Les allèles d’un même gène sont des séquences de nucléotides avec quelques différences (ex : allèles grp sanguins A, B, O)

Tous les êtres vivants possèdent de l’ADN. Les expériences de transgénèse montrent que le support et le codage de l’information génétique est universel.


La comparaison des molécules d’ADN entre les êtres vivants est une preuve supplémentaire de l’origine commune des espèce.


Des infos sur la coccinelle?
... c'est par ici !

Il y a tâche et tâche....

Afin d'identifier la région du génome associée aux variations de coloration des élytres, nous avons séquencé plusieurs génomes de coccinelles et les avons comparé entre eux.

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Lancer l'analyse génétique pour connaitre la région responsable du motif des élytres

Nous avons identifié une région bien précise du chromosome 4 de la coccinelle arlequin, dont les variations de séquences sont corrélées avec les variations de coloration. Cette région s’étend sur trois gènes : le gène aor, le gène pnr et le gène itr

Pour pouvoir savoir lequel de ces trois gènes est impliqué, on peut inactiver chaque gène l'un après l'autre et d’observer les effets de cette inactivation sur les caractéristiques de la coccinelle.

Inactiver le gène aor

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Inactiver le gène pnr

Inactiver le gène itr

Afin d'identifier la région du génome associée aux variations de coloration des élytres, nous avons séquencé plusieurs génomes de coccinelles et les avons comparé entre eux.

Black-4spots

Red-nspots

Black-nspots

Black-2spots

Black-4spots

Red-nspots

Black-nspots

Black-2spots

Gène aor actif

(expérience témoin)

Retour au labo

Gène aor inactif

Expérience d'inactivation du gène aor

Refaire une expérience d'inactivation

Black-4spots

Red-nspots

Black-nspots

Black-2spots

Black-4spots

Red-nspots

Black-nspots

Black-2spots

Gène pnr actif

(expérience témoin)

Gène pnr inactif

Retour au labo

Expérience d'inactivation du gène pnr

Refaire une expérience d'inactivation

Black-4spots

Red-nspots

Black-nspots

Black-2spots

Black-4spots

Red-nspots

Black-nspots

Black-2spots

Gène itr actif

(expérience témoin)

Gène itr inactif

Retour au labo

Expérience d'inactivation du gène itr

Refaire une expérience d'inactivation

Attention aux yeux des coccinelles

Les 2 tâches blanches derrière la tête ne sont pas des yeux (mais juste des taches)

l'oeil

est ici

refermer le placard

Pour tout connaître sur les secrets sur notre diversité phénotypique.........
RDV sur GenieGen2!

Besoin d'un peu d'aide?

Lien vers GenieGen2

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Ouvrer la banque de séquences


Saisir le mot clé « Pannier » puis cliquer sur la séquence suivante :

Quand elle apparait alors dans la liste à droite, cliquer sur "charger les séquences"


Avec les fonctionnalités du logiciel, montrer qu’il existe une diversité allélique du gène Pannier :

Dans "Actions" - "Aligner les séquences".

Comparer les différentes séquences : dans « Affichage » - « Tableau de comparaison ».

Que déduire de ces informations?


Proposer un mécanisme à l'origine de l’existence de ces différents allèles.



refermer le placard

Oups désolé !

je crois qu'on dérange...

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Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Entrez le chiffre correspondant au chromosome concerné par le séquencage.



Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer



___

Retour au labo

Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer



x__

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Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer



xx_

Retour au labo

Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer



___

Retour au labo

Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer



x__

Retour au labo

Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer



xx_

Retour au labo

Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

La séquence d'ADN demandée a bien été séquencée.

Il existe 4 versions (allèles) de ce gène pnr ("pannier") :

hsp : allèle trouvé chez Black-4spots
hA : allèle trouvé chez Black-nspots
hC : allèle trouvé chez Black-2spots
h : allèle trouvé chez Red-nspots




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Recommencer le sequençage

Si vous avez testé les 3 gènes,
il est temps de retourner au labo et de découvrir ce que contient l'enveloppe laissée à votre disposition...

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


ERREUR : ce n'est pas le bon gène !



Retour au labo

Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Bienvenue dans votre séquenceur ADN


Retour au labo

Ce chromosome contient plein de gènes, mais aucun ne participe à la mise ne place du motif des élytres.



Recommencer le sequençage

Recommencer le sequençage

Sélectionnez les coccinelles que vous voulez croiser...

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Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

Retour au labo

Refaire un croisement

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

Retour au labo

Refaire un croisement

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

Retour au labo

Refaire un croisement

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

Retour au labo

Refaire un croisement

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

Retour au labo

Refaire un croisement

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Pas de croisement possible

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Refaire un croisement

+

Arlequin

Black-4spots

Arlequin

Red-nspots

Arlequin

Black-nspots

Arlequin

Black-2spots

Coccinella septempunctata