Inscape_Pathogènes

Seconde - Thème corps humain et santé

A la découverte des pathogènes ...

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Les icônes sont cliquables et vous permettront d'accéder aux différentes informations fournies !

Un inscape game !

Vous êtes ses collègues paléopathologistes : vous aller voyager dans 4 régions du monde pour identifier les pathogènes impliqués dans le décès des cas mis à votre disposition. Vous allez collaborer avec vos assitants au laboratoire de recherche ou à distance.

Ces dernières années, un médecin légiste français, Philippe CHARLIER, a étudié les pathogènes retrouvés sur différents sites archéologiques.

Quel est votre rôle ?

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Source :https://twitter.com/doctroptard/photo

VOTRE MISSION ...

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S'il est unicellulaire ou pluricellulaire

Sa taille

L'espèce à laquelle il appartient et la maladie qu'il provoque

Sa classification (règne, famille, genre)

Son mode de propagation

Coordonnez-vous au sein du groupe et rassembler les informations dans ce tableau collaboratif

Pour chaque pathogène, vous devrez déterminer ...

Comment mener l'enquête ?

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Suivez les étapes afin de récolter les informations nécessaires

Utilisez les microscopes optiques disponibles sur les paillasses pour observer les échantillons trouvés. (Peut être remplacer à la maison par des observations en microscopie virtuelle)

Observez les images en microscopie électronique fournies des échantillons.

Utilisez le logiciel en ligne Lifemap qui permet de déterminer le règne, la famille et/ou le genre du pathogène.

Utilisez la plateforme en ligne BLAST qui permet, à partir d'une portion de séquence d'ADN de pathogène prélevée sur les échantillons, d'identifier l'espèce à laquelle il appartient.

Les étoiles localisent des régions qui ont fait l'objet d'études de paléopathologie. Cliquez sur celle que vous souhaitez explorer.

Mission accomplie ? Rédigez votre bilan !

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Dans ce bilan il faut : - Récapituler les différents types de pathogènes.- Indiquer comment ils se multiplient/reproduisent.- Préciser les effets sur leur hôte.Rédigez ce bilan de manière collaborative avec les autres groupes en vous rendant sur ce pad. Insérez le lien vers le pad choisi ou une autre ressource d'écriture collaborative.

Des corps momifiés de manière spontanée sont découverts au nord du Chili. Dans cette région du monde sévit depuis plusieurs millénaires une pathologie mortelle qui a frappé de nombreux peuples amérindiens.

Observer la lame positionnée sur le microscope 1.

Image en microscopie électronique à balayage (Source : Zephiris, CC-BY-3.0)

Visionnez la vidéo jusqu'à 8min28. Source : Inserm

Séquence ADN de l'organisme à identifier : TTTTTATTGGCCTGGCATGCGTCCCATGGTATATGTTGTACTGTTGGTTTATCATAGTTGCGTATACAGCGTTGCATGTCGCAGTTCGATTTACTGTCATGGTCTACAATGCCAGCTATCACCCAAATGATACACCTTCGTACTGGATGGAGATTATTGGCATTGATATTGGCAAGGATCCTTTTGCCCTTTTGGTTTACTTTCTTTTACTTATCTTGGCGGTGTTTCAACTTCGGATTTCAAGGCATGAGGCGAGCGGGAAGATTACCATCCAAGAAATTCTTCAACGGATGGAATGGCGTCGTTTTACGTCGTGTGATTTTTTTCCACAGTTTTACCGACATTTCTTGGAATTGTCGACGTCGCTGGTGTTAGTGATGATGGCGCTTTTTATTCCTCACAACGTTTTTATCGCCGGCTTTGCGCTCCTGTTTCTTCTCTATTTCTCCTTGGGAGCGTATTCCAAGCTTGCCGAGAGCGTGACGCTGATCGCTTTAGGTGCCTATAACGTGGCGGTGTTGCTTATCAGTGCACTTTACCATGTACCAGCCATTTCAAATTCTTTTGCTGAACGATTGTCTAACGTTACCGTGTGCCAGAAAATCACGGTACAGAGGTGTGCGTTGGATGTTGGTGTCTCTCAGAATAATCAGTTTGGTTCCATGTCGTTGAACCTTCTTCCATGGTACTTGGCGCA

Une momie précolombienne Source : G. GARITAN (CC BY-SA 3.0)

Utiliser Blast 1. Copier la séquence du pathogène disponible et la copier ici : 2. Sélectionner cette option et cliquer sur BLAST

Utiliser Lifemap Agrandir et cliquer sur les cercles dans les différents règnes OU indiquer le nom du pathogène ici SOS Vous ne trouvez pas le virus dans Lifemap ? C’est normal ! Les virus n’appartiennent ni aux Procaryotes, ni au Eucaryotes ni aux Archées qui sont les 3 branches du monde vivant. Néanmoins, ils sont tout de même répertoriés par catégories. Pour trouver leur classification vous pouvez chercher ici : Comme sur Lifemap, il vous suffit d’entrer le nom du virus (Measles morbillivirus) trouvé avec Blast pour trouver sa place parmi les autres virus.

C'est sur le corps momifié d'un enfant mort au 17e siècle et découvert sous l'ancienne crypte d'une église en Lituanie que des chercheurs ont identifié les traces de ce pathogène meurtrier.

Observer la lame positionnée sur le microscope 2.

Image en microscopie électronique à transmission (Source : Cynthia S. Goldsmith; William Bellini, Ph.D. CDC)

Regardez la vidéo jusqu'à 8min57 Source : Inserm

Séquence ADN de l'organisme à identifier : AAAAGAAACAAGGACAAACCACCCATTACATCAGGATCCGGTGGAGCCATCAGAGGAATCAAACACATTATTATAGTACCAATTCCTGGAGATTCCTCAATTACCACTCGATCCAGACTACTGGACCGGTTGGTCAGGTTAATTGGAAACCCGGATGTGAGCGGGCCCAAACTAACAGGGGCACTAATAGGTATATTATCCTTATTTGTGGAGTCTCCAGGTCAATTGATTCAGAGGATCACCGATGACCCTGACGTTAGCATCAGGCTGTTAGAGGTTGTTCAGAGTGACCAGTCACAATCTGGCCTTACCTTCGCATCAAGAGGTACCAACATGGAGGATGAGGCGGACCAATACTTTTCACATGATGATCCAAGCAGTAGTGATCAATCCAGGTCCGGATGGTTCGAGAACAAGGAAATCTCAGATATTGAAGTGCAAGACCCTGAGGGATTCAACATGATTCTGGGTACCATTCTAGCCCAGATCTGGGTCTTGCTCGCAAAGGCGGTTACGGCCCCAGACACGGCAGCTGATTCGGAGCTAAGAAGGTGGATAAAGTACACCCAACAAAGAAGGGTAGTTGGTGAATTTAGATTGGAGAGAAAATGGTTGGATGTGGTGAGGAACAGGATTGCCGAGGACCTCTCTTTACGCCGATTCATGGTGGCTCTAATCCTGGATATCAAGAGGACACCCGGGAACAAACCTAGGATTGCTGAAATGATATGTGACATTGATACATATATCGTAGAGGCAGGATTAGCCAGTTTTATCCTGACTATTAAGTTTGGGATAGAAACTATGTATCCTGCTCTTGGACTGCATGAATTTGCTGGT

Utiliser Blast 1. Copier la séquence du pathogène disponible et la copier ici : 2. Sélectionner cette option et cliquer sur BLAST

Utiliser Lifemap Agrandir et cliquer sur les cercles dans les différents règnes OU indiquer le nom du pathogène ici SOS Vous ne trouvez pas le virus dans Lifemap ? C’est normal ! Les virus n’appartiennent ni aux Procaryotes, ni au Eucaryotes ni aux Archées qui sont les 3 branches du monde vivant. Néanmoins, ils sont tout de même répertoriés par catégories. Pour trouver leur classification vous pouvez chercher ici : Comme sur Lifemap, il vous suffit d’entrer le nom du virus (Measles morbillivirus) trouvé avec Blast pour trouver sa place parmi les autres virus.

Reconstitution d'Ötzi, l'homme des glacesEn 1991, on découvre dans un glacier entre l’Autriche et l’Italie, les restes d’un homme mort il y a 5700 ans. Il a été nommé Ötzi. Des études montrent qu’il souffrait de nombreuses pathologies.

Observer la lame positionnée sur le microscope 3.

Image en microscopie électronique à balayage (fausses couleurs) (Source : Autismodiario.com, CC-BY-NC-ND)

Comment est transmise cette maladie? La maladie de Lyme est transmise par les tiques, arthropodes hématophages appartenant à l’ordre des Ixodida (famille des Ixodidae). L’agent responsable de la maladie de Lyme fût isolé pour la première fois chez une tique du genre Ixodes en 1982 par Willy Burgdorfer, on donna son nom à cet agent : Borrelia burgdorferi. Il s’agit d’une bactérie à Gram négatif (genre Borrelia, famille Spirochaetaceae). De nombreuses autres espèces de Borrelia peuvent être transmises par les tiques. Certaines peuvent également causer la borréliose de Lyme. Ces bactéries Borrelia sont ainsi regroupées dans un complexe appelé Borrelia burgdorferi sensu lato (Bbsl), que l’on différencie de la bactérie isolée en 1982 appelé Borrelia burgdorferi sensu stricto (Bbss).

Séquence ADN de l'organisme à identifier : AATGAGGAATAAGCTTTGTAGGAAATGACAAAGTGATGACGTTAATTTATGAATAAGCCCCGGCTAATTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAAGGGGCGAGCGTTGTTCGGGATTATTGGGCGTAAAGGGTGAGTAGGCGGATATATAAGTCTATGCATAAAATACCACAGCTCAACTGTGGACCTATGTTGGAAACTATATGTCTAGAGTCTGATAGAGGAAGTTAGAATTTCTGGTGTAAGGGTGGAATCTGTTGATATCAGAAAGAATACCGGAGGCGAAGGCGAACTTCTGGGTCAAGACTGACGCTGAGTCACGAAAGCGTAGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCTACGCTGTAAACGATGCACACTTGGTGTTAACTAAAAGTTAGTACCGAAGCTAACGTGTTAAGTGTGCCGCCTGGGGAGTATGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCAGGGCTTGACATATATAGGATAT

Source :Gurumed.org (CC BY 2.0)

Utiliser Blast 1. Copier la séquence du pathogène disponible et la copier ici : 2. Sélectionner cette option et cliquer sur BLAST

Utiliser Lifemap Agrandir et cliquer sur les cercles dans les différents règnes OU indiquer le nom du pathogène ici SOS Vous ne trouvez pas le virus dans Lifemap ? C’est normal ! Les virus n’appartiennent ni aux Procaryotes, ni au Eucaryotes ni aux Archées qui sont les 3 branches du monde vivant. Néanmoins, ils sont tout de même répertoriés par catégories. Pour trouver leur classification vous pouvez chercher ici : Comme sur Lifemap, il vous suffit d’entrer le nom du virus (Measles morbillivirus) trouvé avec Blast pour trouver sa place parmi les autres virus.

La momie du pharaon Toutankhamon, ainsi que 15 autres d’ascendance royale, ont été passées au crible de plusieurs analyses, dont celle d’échantillons d’ADN prélevés sur les dépouilles. La molécule de l’hérédité a parlé et a levé une partie du voile sur la famille de Toutankhamon. Dans les échantillons d’ADN, trois gènes (STEVOR, AMA1 et MSP1) ont été détectés. Ils trahissent une infection par le parasite ….

Observer la lame positionnée sur le microscope 4A.

Image en microscopie électronique à transmission (fausses couleurs) Le micro-organisme (coloré ici en violet) est dans une cellule animale (en rouge)(Source : Frevert et al. 2005, CC 0)

Regardez la vidéo jusqu'à 8min43. Source : Inserm

Séquence ADN de l'organisme à identifier : TTTTGAGGGTGAAGAAAAAAATAAATGTAAGATAAAAGAAAGTGAAAAATCATTTAAAAAAGAAAATGACTGTAAGGTAGAAAATGTAGAAAATATCAATTATGAACGTGTTTATAGTTGGGAATTAGGAAAAGAAGCTTTGACGAAATTATTAGGATGTTCTAATAAATTAAGTGTAAATAATGTGAAATATTCTGATTGGAAATTCAAATCTATTCCAACTGTAGGTTTTTCAAAAGATGGTGATAGACTTCAAGAAATGTATAAAGCTTCAGTTTGTTCATATACTGAGGAATGTCAAGGGGAAGTTTATTTATTTGTTAAAAAGATACCTATAGAGGTATGGATAAGACAGTACAACTTGATGAATGATAATGATGGAGAATATTTATTAGATGGGGAAAATTTTATTATGGAAGCAGTAGCCTGCGCTTATTTAAGCGAGCATTATCCTGGACTCACACCTAAATTGTACAAGGTATTATATGAGCCTGAATGTGCTAACTGTAATGAAGAGGATAAGAATATGAGTGAAGATAATCATAAGAAGGATAGTAAACATAAGGGGGATAGTAATCACAAAAGTGATAGTAATCACAAAAGTGATAGTAATCACAAAAGTGATAGTAATCATAAAAGTGATAGTAATCATAAAAGTGGTAGTAATCACAAAAGTGATTGTAATCACAAGAGTGGTAGTAATCACAAGAGTGGTAGTAATCACAAGAGTGATAGTAATCATCAAAGTGATTGTAATCACATGAGCGATC

Utiliser Blast 1. Copier la séquence du pathogène disponible et la copier ici : 2. Sélectionner cette option et cliquer sur BLAST

Utiliser Lifemap Agrandir et cliquer sur les cercles dans les différents règnes OU indiquer le nom du pathogène ici SOS Vous ne trouvez pas le virus dans Lifemap ? C’est normal ! Les virus n’appartiennent ni aux Procaryotes, ni au Eucaryotes ni aux Archées qui sont les 3 branches du monde vivant. Néanmoins, ils sont tout de même répertoriés par catégories. Pour trouver leur classification vous pouvez chercher ici : Comme sur Lifemap, il vous suffit d’entrer le nom du virus (Measles morbillivirus) trouvé avec Blast pour trouver sa place parmi les autres virus.

Source : Wikipédia (CC-BY-SA 3.0)

Le médecin anglais Ronald ROSS en 1897 démontre que le moustique femelle du genre Anophèle est le vecteur de la maladie. Observez la lame positionnée sur le microscope 4B. Visionnez la vidéo : comment les moustiques femelles du genre Anophèle piquent les Animaux ?

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