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Presentation

Phénotype

Brève histoire de la classification des bactéries

16rRNA

Ce qu'on va voir après

Genotypique et chemotaxonomie

ANI

Ré-évaluer les liens génétiques et de parentés entre les différents groupes lactobacillus et les groupes proches avec une approche multifactorielle

ANI

AAI et cAAI

Core Genome philogeny

Facteur Métabolique

Signature génétique

Step 1

Ré-évaluation phylogénétique

Step 2

Average amino-acid Identity

Step 3

Signature Génétique

Process

  • Algorythme Orthofinder (permet de trouver des séq. singulières)

  • Comparaison entre les radicaux des acides aminés
  • Core AAI

  • RAxML (génome souche)
  • IQ-Tree (1 Génome/espèce)

ANI

AAI et cAAI

Core Genome philogeny => Monophyletic phylogenetic group

Facteur Métabolique

Signature génétique

1

=

Arbre Phylogen.

2

est. 2020

Avec de nouvelle famille précise et une logique dans l'éloignement des branches

3

4

5

Manque de précision pour le genre car souvent < 70 %

On cherche le plus petit dénominateur commun avant de travailler sur le genre

+ 23 Familles

Une fusion de famille

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  • Leuconostocaceae et lactobacillaceae
  • Le cas Pediococcus et L.Plantarum

Des gènes signatures

+ cAAI intra > cAAI inter

  • Pour les familles
  • Pour l'environnement

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Les découvertes et résultats