Want to make creations as awesome as this one?

Transcript

John Snow et l'épidémiologie, science des épidémies

Aujourd'hui, vous êtes l'assistant de John Snow ...

Pas lui

lui ...

John Snow est un médecin anglais du XIXème siècle, connu pour être l'un des pères fondateurs d'une science nouvelle : l'épidémiologie.
En effet, John Snow n'affrontais pas les marcheurs blancs de Westeros, mais la mort bleue, à Londres ...

Mes chers assistants, je ne crois pas à la théorie des miasmes, que mes contemporains utilisent pour expliquer la transmission du choléra. J'y préfère la théorie des germes ! Je pense plutôt que le choléra provient de quelquechose que les gens mangent, ou boivent, et qui les rend malade. Vous devez m'aider à valider ma théorie en menant l'enquête dans le quartier de Soho, ou une épidémie de choléra fait rage.

En savoir plus sur la théorie des miasmes

Se rendre dans le quartier de Soho

Au XIXème siècle, à Londres, le choléra (la mort bleue) a tué des centaines de milliers de personnes à Londres. Cette maladie se caractérise par des diarhées abondantes qui conduisent rapidement au décès. La couleur bleue que prenaient les malades nous a d'ailleurs laissé l'expression "une peur bleue".
A cette époque, on ne comprend pas bien comment fonctionne la maladie, on en est du coup d'autant moins efficace pour la soigner.
C'est là qu'intervient John Snow ...

Soho, 1853

Interroger cette femme

Explorer Soho

Broadwick Street ...

Retourner au laboratoire faire part de vos découvertes à John Snow

C'est la pompe à eau de Broadstreet :

Les habitants du quartier viennent y prélever de l'eau pour leur consommation quotidienne. L'eau est prélevée directement dans la tamise, sans être ni filtrée, ni traitée. A l'époque, les eaux usées sont rejetées directement dans la tamise.

C'est un camp de travailleur. Il dispose de sa propre source d'eau. Il y a peu de morts par rapport au reste du quartier.


C'est une brasserie. On y boit peu d'eau ... aucun mort n'y a été déploré.

C'est un immeuble d'habitation. On y compte des dizaines de morts du choléra. Ils s'approvisionnent en eau à la pompe de Broadwick Street.

Faites moi part de vos découvertes, avez-vous de hypothèses sur l'origine du choléra à Soho ?

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Correct

Présentez votre hypothèse au professeur pour obtenir le mot de passe.

Faux

Bien, nous allons devoir tester cette hypothèse par la méthode épidémiologique. L'épidémiologie, c'est la science des épidémies, cela consiste à rassembler des données sur les malades et ce qui les entoure, pour tirer des conclusions sur la maladie.

Ensemble, nous allons transformer cette carte pour la rendre plus facile à utiliser pour valider votre hypothèse.

J'ai rassemblé sur cette carte des données récoltées à Soho : la localisation des morts, et la localisation des pompes à eau.

Vous pouvez télécharger mes données sur le nombre de morts par habitations, ainsi que la localisation des pompes en cliquant sur les liens ci-dessous.

données sur la mortalité

Emplacement des pompes

Pour construire notre carte, nous allons utiliser l'application Umap, qui s'appuie sur les données ouvertes OpenStreetMap. Cliquez sur le lien ci-dessous :

Pour importer les données dans Umap, cliquez sur ce bouton dans la barre en haut à droite de l'écran.

Sélectionnez les fichiers que vous avez téléchargé précédemment et importez les dans deux calques différents.

Ca ne va pas du tout ! La carte n'est pas suffisamment claire, il faut modifier l'affichage des données. Cliquez sur modifier le fond de carte.

Modifiez le fond de carte pour qu'il apparaisse en nuances de gris.

C'est mieux, mais on ne peut pas encore distinguer les pompes des habitations. Cliquez sur "Gérer les calques".

Modifiez l'îcone des données cholera death afin de les différencier de l'emplacement des pompes.

On peut faire encore mieux. Umap nous permet de visualiser le nombre de morts par habitations.

Dans Gérer les calques, modifiez le type de calque de cholera death en Heatmap.

C'est parfait ! Faites une capture d'écran de votre carte et imprimez là. Nous en aurons besoin pour notre compte-rendu de recherche à la British Society of Medecine. Mon ami Robert Koch m'a envoyé une représentation de ce qu'il appelle un vibrion cholérique. Il pense qu'il pourrait s'agir de l'agent responsable du cholera.

Rédigez le compte-rendu de votre recherche. Il devra expliquer :

- la démarche que vous avez suivi au côté de John Snow (contexte, hypothèse, protocole)
- les résultats que vous avez obtenu (la carte, correctement titrée et annotée)
- vos conclusions sur l'origine de l'épidémie de cholera à Soho.
- une conclusion sur la controverse entre théorie microbienne et théorie des miasmes

Voir un dessin du vibrion cholérique

Voir un échantillon de l'eau de la pompe de Broadwick Street

En savoir plus : la théorie microbienne

Crédits :

Un Genially crée par Guillaume BLANDRE
Inspiré de Risque Alpha
Données numériques et traitement : http://sqljason.com/2013/03/geospatial-analytics-microsoft-bi-john.html

Epilogue

Voici une image obtenue avec des moyens modernes de Vibrio cholerae.
Téléchargez l'image et annotez là pour déterminer le groupe de micro-organisme auquel il appartient. Complétez le tableau de l'activité 1.