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Transcript

Pour avancer il faut la flèche violette.
Si elle n'est pas là, c'est qu'il faut accomplir une activité et elle apparaitra quand tout sera correct.

On peut toujours revenir en arrière avec cette flèche bleue claire.

Pour recommencer

TP1 : PARTIE 2 :

Structure des anticorps

  • Utiliser libmol sur cette page ou l'ouvrir sur une nouvelle page Libmol.org
  • Charger le fichier « IggTotal.pdb», disponible sur ce bouton :
  • Charger le fichier en cliquant sur l'espace de dépôt de fichier. Une molécule : un Anticorps (Ac) s’affiche
  • Observer la forme générale de la molécule d’Ac. À quelle lettre de l'alphabet fait-il penser ?
  • Mettre en évidence le nombre de chaines d’acides aminés qui composent un Ac : Cliquer sur commandes représenter en sphère et colorer en chaines
  • Noter vos observations sur votre cahier : "Un anticorps est composé de ... chaînes, l'ensemble ayant une forme de .... "

Structure globale d’un anticorps

Le nom de chaque chaîne s’affiche en bas à gauche (Chaînes lourdes : I, H et Chaînes légères : M, L) lorsque vous placez la souris dessus.

Idem pour les atomes (ex : VAL 119 signifie que le 119ème acide aminé est de la Valine). D’autres informations comme les séquences complètes en acides aminés sont disponibles dans l’onglet Séquence

Cliquer sur le schéma qui vous semble le plus adapté pour représenter un anticorps

(Remarque : des liaisons entre les chaines sont réalisées par des liaisons entre 2 atomes de sulfures composant certains acides aminés on parle des ponts disulfures)

Il reste à comparer des chaines lourdes (H et I) et des chaines légères (L et M)

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/geniegen2/

Bravo !

Il reste à comparer des chaines lourdes (H et L) et des chaines légères (K et M)

  • Grâce au logiciel Geniegen 2, on peut comparer les séquences des acides aminés des chaînes lourdes et légères d'anticorps
  • Ci-dessous, vous avez une comparaison des chaînes lourdes de 4 anticorps différents







  • Ci-dessous, vous avez une comparaison des chaînes légères de 4 anticorps différents





  • Comparer la longueur des chaînes lourdes et légères.
  • Identifier comment varient les séquences des chaînes lourdes et légères selon les zones.
  • Notez vos observations sur votre cahier

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/geniegen2/

Séquences d'acides aminés des différentes chaînes affichés (correspondant à l'encadré de la ligne inférieure)

Position de l'acide aminé

Position de l'acide aminé

CHAÎNES LÉGÈRES des anticorps étudiés : environ 215 ACIDES AMINÉS DE LONG

Localisation des zones variables dans les séquences totales :
En vert = acide aminés identiques entre les 4 chaînes
En orange et rouge = acides aminés variables à très variables entre les 4 chaînes

CHAÎNES LOURDES des anticorps étudiés : environ 445 ACIDES AMINÉS DE LONG

Replacer les élèments pour schématiser plus précisément un anticoprs avant de poursuivre.

RÉGION VARIABLE

RÉGION CONSTANTE

Les séquences pour lesquelles les acides aminés sont différents d’un anticorps à l’autre sont appelées régions variables.

Les séquences pour lesquelles les acides aminés sont identiques d’un anticorps à l’autre sont appelées régions constantes.

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/geniegen2/

Identification du/des site(s) de fixation à l’antigène :

  • Télécharger Complexe_Anticorps_Antigene.pdb (ce fichier présente deux antigènes identiques fixés à un un anticorps (les antigènes sont notés A et B)


  • Utiliser Limol ici ou l'ouvrir en cliquant sur bouton orange.
  • Choisir « Déposer un fichier… » et sélectionner "Complexe_Anticorps_Antigene.pdb" qui a été téléchargé

  • Mettre en évidence les 6 chaînes présentes à partir de l’onglet Commandes -> Représenter en sphère et Colorer les Chaînes

  • Identifier où se situe le site de fixation à l’antigène
  • Repérer pourquoi un seul anticorps est capable de fixer deux antigènes identiques (Vous pouvez pour cela vous aider de l'onglet séquence)

Mais où se fixe l'antigène?

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Très bien mais il faut mettre les légendes maintenant!

Chaîne lourde

Chaîne légère

Région constante

Région variable

Schéma d'un anticorps

Site de fixation à une membrane cellulaire

Site de fixation d'un antigène

Recopier le schéma et la phrase bilan sur votre cahier

Deux anticorps différents présentent des séquences d'acides aminés identiques au niveau des régions constantes. En revanche, des variations des séquences des acides aminés au niveau des régions variables expliquent la capacité des anticorps à fixer spécifiquement un seul type d'antigène.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Il y a des liaisons entre les chaines comme des ponts disulfures.

Félicitations, vous avez terminé cette partie !

Vous pouvez retourner analyser les résultats de votre TP...