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Transcript

Activité 1 PARTIE C :

La mesure de la biodiversité planctonique grâce à la bio-informatique

Du bateau au labo...

Découvrez tout d´abord le projet TARA... (prenez des notes)

L. MICOUD
S. SEBE

Votre mission :

vous êtes étudiants en doctorat au Museum National d´Histoire Naturelle de Paris et dans le cadre de votre thèse "influence des conditions physico-chimiques du milieu sur la biodiversité planctonique", vous avez passé un an à bord de la goélette TARA pour étudier la biodiversité du plancton marin.

De retour dans votre laboratoire de bio-informatique, vous devez identifier et mesurer la biodiversité planctonique dans 4 stations étudiées lors de votre expédition et essayer de proposer des explications aux différences de peuplements constatées dans un court article illustré de vos résultats.

1ère mission : identifier les espèces à partir de l´ADN environnemental recueilli

2ème mission : traiter les données numériques pour estimer la richesse spécifique et l´abondance des taxons

Bilan : communication scientifique des résultats et interprétations

Première mission : identifier les espèces planctoniques récoltées au laboratoire de biologie moléculaire et de bio-informatique

Les conditions de prélèvement des échantillons

Descriptif de l'expédition TARA et du protocole mis en oeuvre



D´après Manuel Bordas - ES - Terminale


Les différents outils d'échantillonnage

D´après Manuel Bordas - ES - Terminale



Le traitement des données

Identifier et quantifier la biodiversité




D´après Manuel Bordas - ES - Terminale

Travail attendu dans la mission 1


A l´aide du logiciel professionnel de bio-informatique BLAST, identifier, lorsque cela est possible l´espèce (ou le taxon) à laquelle (auquel) appartient chaque fragment d´ADN environnemental recueilli et dont la séquence se trouve dans le fichier Excel fourni. Compléter ce fichier avec ces informations (document à intégrer ensuite dans l´article scientifique).

Ressources à consulter au préalable

Accéder à Blast

Tutoriel Blast

Fichier Excel

A TELECHARGER


Descriptif de l'expédition TARA et du protocole mis en oeuvre




D´après Manuel Bordas - ES - Terminale


Les différents outils d'échantillonnage

D´après Manuel Bordas - ES - Terminale


Identifier et quantifier la biodiversité



Deuxième mission : exprimer graphiquement l´abondance relative dans les 4 stations étudiées

Travail attendu dans la mission 2


En utilisant les fonctionnalités d´Excel, réaliser un graphique qui exprime pour les 4 stations étudiées, l´abondance relative des différentes espèces retrouvées. Vous pouvez vous aider du graphique présent dans la rubrique "Les notions de richesse spécifique et d´abondance relative" ci-dessus. Ce graphique sera intégré à l´article scientifique rédigé.

Ressources à consulter à propos de la biodiversité :


Les notions de richesse spécifique et d´abondance relative

Exemple avec des espèces planctoniques récoltées dans toutes les stations étudiées



Exemple de graphiques à construire avec les quatre stations que vous avez étudiées

C'est sur ce modèle que vous allez construire votre graphique pour les quatre stations étudiées avec Excel ou équivalent.


tutoriel tableur de type Excel



Fichier Excel

A TELECHARGER

Exemple avec des espèces planctoniques récoltées dans toutes les stations étudiées



Exemple de graphiques à construire avec les quatre stations que vous avez étudiées

C'est sur ce modèle que vous allez construire votre graphique pour les quatre stations étudiées avec Excel ou équivalent.



Travail final attendu


Par groupe de 2 étudiants-chercheurs, vous êtes chargés de rédiger un article (d´une demi-page à une page max) pour la revue "Pour La Science" dans lequel vous présenterez les résultats de votre recherche.

Votre article devra comprendre une présentation rapide de la recherche et des méthodes utilisées, vos résultats obtenus (communiqués scientifiquement) et leur analyse, ainsi que des hypothèses concernant les différences de biodiversité constatées dans les 4 stations étudiées. Pour cela, vous exploiterez les données complémentaires du tableau excel. Vous pouvez agrémenter votre article de photos d'espèces identifiées.

Vous terminerez votre article en soulignant l´importance du plancton à l´échelle des écosystèmes et plus globalement de la planète grâce aux informations extraites de la vidéo d'introduction.

Pour accéder aux critères de réussite de l'article

Critères de réussite

Communiquer sur sa démarche, ses résultats et ses choix en argumentant à l'écrit

Communiquer ses résultats dans un langage scientifique (tableau et graphique)

Raisonner avec rigueur, interpréter des résultats en mobilisant ses connaissances, conclure

  • mon article présente un titre pertinent (adapté au sujet)
  • mon article présente les méthodes utilisées par les scientifiques et le cadre du projet de recherche
  • le texte est structuré en phrases qui ont du sens
  • l’orthographe et la grammaire sont respectées
  • des connecteurs logiques sont utilisés à bon escient

  • BLAST a bien été utilisé afin d'obtenir des résultats corrects (les espèces ont bien été identifiées)
  • EXCEL a bien été utilisé: le graphique obtenu est un diagramme
  • Le choix des axes est pertinent
  • les légendes des axes sont exactes
  • un titre en cohérence avec la relation exprimée par le graphique est donné

  • les résultats et les informations en lien avec le problème posé sont relevés dans la vidéo et les docs produits
  • des valeurs extraites du tableur et du graphique sont citées
  • les notions de richesse spécifique et d'abondance relative sont construites sur les données de l'expédition
  • Une hypothèse d'explication aux différences de biodiversité entre les 4 stations est proposée en utilisant certaines données du tableau