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Les notions essentielles à connaître en BACTERIOLOGIE MEDICALE

Mathilde Lescat

MCU-PH BACTERIOLOGIE Université Sorbonne Paris Nord

Objectifs pédagogiques

Connaître les caractéristiques bactériologiques essentielles des bactéries (Gram,croissance, résistances aux ATB) et en déduire la démarche diagnostic au laboratoire




Savoir identifier les sites environnementaux / commensaux dans lesquels évoluent les bactéries en dehors de toute infection

En déduire les pathologies dues à ces bactéries

et prédire les traitements antibiotiques à mettre en place pour une infection due à ces bactéries

Caractéristiques de bases d'une bactérie

Microorganisme procaryote (pas de noyau) avec un chromosome +/- plasmides


La plupart des bactéries sont colorables et visibles grâce à la coloration de Gram

(sauf les Mycobactéries, les bactéries intra incellulaires)


Caractères respiratoires variés (aérobie strict, aérobie anaérobie et anaérobie stricts)


Exigences de cultures différentes (présence ou non en O2, mileux très nutritifs, suppléments en C02)

(germes fragiles/ exigeants: hémophiles, méningocoque, gonocoque)



Les grandes familles de bactéries


Staphylocoques

Streptocoques

Enterocoques

Anaérobies (Peptostreptococcus sp)

Lorem ipsum

Lorem ipsum

Lorem ipsum

coccis Gram +

bacilles Gram -

coccis Gram -

bacilles Gram +

Intra

cellulaires

Mycobactéries

Méningocoque

Gonocoque

Anaérobies (Veillonella sp)

Corynebactéries

Listeria monocytogenes

Anaérobies (Clostridium sp)

Entérobactéries

Parvobactéries (Hémophiles, HACCEK, Pasteurelle, Brucellla melitensis, Bartonella sp)

aérobie stricts

Anaérobies (Bacteroides sp, Prevotella sp...)

Intracellulaires

Chlamydiae sp,

Mycoplasma sp

Legionella pneumophila

Ricketsiae, Coxiella sp


Spirochètes

Treponema pallidum

Borrelia burgdorferi

Leptospires

Les grands sites commensaux

Microbiote cutané: Staphylocoques à coagulase négative, corynebactéries

Microbiote oropharyngé/nez:

Streptocoques, Neisseria sp, Hémophiles, Staphylocoque doré ,

Chlamydiae, Mycoplasmes,

Anaérobies (Veillonella sp...)

Microbiote vaginal: Lactobacilles+++,

Mycoplasmes, entérobactéries et entérocoques de manière transitoire

Microbiote digestif:

Anaérobies ++++( Bacteroides sp, Clostridium sp...)

entérobactéries (E. coli)

entérocoques (Enterococcus faecalis)

Les grands sites commensaux chez les animaux

Rickettsia sp

Yersinia pestis

Rickettsia sp,

Borrelia sp

Pasteurella multocida,

Bartonella henselae

Coxiella burnetti

Brucella melitensis

Escherichia coli O157:H7

Leptospires,

Chhlamydiae psitacci

Les bactéries saprophytes de l'environnement

bacilles à Gram négatif aérobie strict

Listeria monocytogenes

Legionnella pneumophila

Vibrio cholerae, Aeromonas hydrophila

Les principales infections

Infections cutanées:

Staphylocoques doré, Streptcoque groupe A

Infections pulmonaires:

Communautaires: Pneumocoque, Haemophilus influenzae, atypiques (Chlamydiae, Mycoplasmes, Legionelle)

Nosocomiale : Entérobactéries Staphylocoque doré, Pyo

Infections génitales hautes et basses

Gonocoques, Chlamydiae, Syphilis,

Entérobactéries, Anaérobies (hautes+++)

Infections materno foetales:

E. coli, Strepto B, Listeria


Infections digestives

Ulcères: Helicobacter pylori

Extraintestinales: Anaérobies, entérobactéries, entérocoques

Diarrhées: Salmonelles, Shigelles, Yersina enterocolytica, Campylobacter sp

Infections méningées (adulte, enfant)

Pneumocoque, méningocoque, Listéria

Endocardites

Streptocoques, Staphylocoques, HACCEK

Infections urinairess

Entérobactéries (E. coli)

entérocoques (E.faecalis), StreptoB

Staphylococus saprophyticus

JO (à partir de réception pvt ou positivité de l'Hc)

Examen direct (Gram, cytologie+/-formule),

mise en culture

Recherche d'Ag (Pneumo, Legio, C.dif)

Bio mol (CTNG, strepto B, toxine C.dif,

SARM, BHRE...)

J1

J2

J3 et plus

Observation des cultures Identification d'espèce par MALDI TOF

Tests complémentaires (β LACTA test ,PLP2a, carbapénémases...)

Lancement des ATBg

Lecture des ATBg

Tests complémentaires (carbapénémases, HCASE, CMI)

Rendu des cultures lentes (Nocardia, Actinomyces jusque 14j, légionelles, 10j) et difficiles (ex germes des infections osseuses en 14j)

Identification d'espèce par 16S

Délai de rendu des diagnostics directs

Exception pour les Hc:

Id possible pour BGN et S. aureus

Rendu définitif des ATBg pour la plupart des Hc

Rendu définitif des ECBU si négatif

Rendu définitif des hémocultures négatives : 5 jours

Rendu définitif de nombreux prélèvements (PV, cutanés, pulmonaires, hygiène...) si négatif

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Exemple avec un ECBU

JO à partir de la réception du prélèvement au laboratoire

Examen direct (Gram, leucocytes)

puis mise en culture

J1

J2

J3

Rendu des cultures negatives ou Lancement des ATB si ECBU+

Rendu de la plupart des ECBU +

Lecture des ATB

Tests complémentaires (bio mol, Ag)

Rendu éventuels des recherches complémentaires de résistances aux antibiotique

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Exemple avec une hémoculture

Jour de la positivité de l'Hc= JO Labo

Examen direct (Gram)

Pour les BGN: Identification d'espèce et recherche de résistance aux C3G par β LACTA test

Pour les CGP type staph, identification par coagulases : + possible en 2h

Lancement des cultures et ATBg


Observation des cultures : identification des espèces et lancement des ATBg pour bactéries de cultures polymicrobiennes

Rendu des ATBg pour la majorité des Hc qui sont monomicrobiennes


Lecture des ATB des cultures polymicrobiennes et ou anaérobies


J2 Labo

J1 Labo

JO du pvt

J5 du prélèvement

Rendu définitif des hémocultures négatives

(15j pour les suspicions de germes à croissance lentes)

Positivité possible à partir de 5-6h d'incubation minimum

Incubation dans un automate sans ED

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Les diagnotics indirects

Sérologies

  • Bartonella sp
  • Borrelia burgdorferi
  • Brucella sp
  • Chlamydia pneumoniae
  • Coxiella burnetti
  • Legionnella pneumophila
  • Leptospira sp
  • Mycoplasma pneumoniae
  • Risckettsia sp
  • Treponema pallidum

Dosage d'interféron

  • IGRA (Quantiféron ou TB spot)

Les grandes familles d'ATB

Les grandes résistances aux antibiotiques

Nouvelles cibles, ou modification de cibles existantes

Destruction de l'ATB

Diminution de la concentrationde l'ATB

Modification de la cible

Enzymes

Efflux, Impermeabilité

Epidémiologie de l'antiobiorésistance en France des principales bactéries d'intérêt médical

Les BMR

(bactéries multi résistantes)

les SARMs

les Pyos multi R


les Acinetobacter baumanii multiR

les Enterobactéries productrices de BLSE

les Enterobactéries productrices de carbapénémases

les ERV

Les BMR

les EBLSE

  • Entérobactéries productrices de BLSE
  • touchent les espèces E. coli +++ et Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae....
  • dépistage rectal
  • hydrolyse des Blactamines par acquisition plasmidique de gènes codant pour BLSE (CTX-M++, TEM, SHV)
  • dépistage rapide par BlactaTest (sur culture ou hémoculture positive)
  • résistances à toutes les Blactamines sauf carbapénèmes et céfoxitine, association avec résistance aux FQ et aminosides
  • dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par carbapénèmes à réévaluer +++

Les BMR

  • dispersion chez Entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumanii
  • seules les entérobactéries font partie des BHRe
  • dépistage rectal
  • hydrolyse des Blactamines par acquisition plasmidique de gènes codant pour carba (OXA-48, KPC, NDM-1, IMP, VIM)
  • dépistage rapide par biologie moléculaire (Cepheid)
  • résistances à toutes les Blactamines, association avec résistance aux FQ et aminosides
  • dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par carbapénèmes + colistine, à réévaluer +++

les bactéries productrices de carbapénémases

Les BMR

les ERV

  • Entérocoques résistants résistants à la vancomycine
  • appartiennent aux BHRe (Bactéries Hautement Résistantes émergentes)
  • touche les espèces E. faecium +++ et E. faecalis
  • dépistage rectal
  • modification de la cible par ajout des gènes vanA et vanB
  • dépistage rapide par biologie moléculaire (Cepheid)
  • dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par linezolide

Les principaux traitements en 1ère intention

Infections cutanéees

Amoxiciiline, Amoxicilline-clavulanate

Infections pulmonaires:

Com: Amoxicilline-clavulanate, amoxicilline, C3G, Macrolide

Nosoc: Tazocilline


Infections génitales hautes et basses

Basse: tetracycline, macrolide, FQ (CT)

C3G (gono)

Haute: C3 + flagyl + tetracycline

Infections materno foetales:

C3G, amoxicilline


Infections digestives

Amoxicilline-clavulanate, C3G+flagyl, Tazocilline

Infections méningées (adulte, enfant)

C3G, vancomycine, amoxicilline

Endocardites

C3G, Amoxicilline+ aminoside

Infections urinaires

Basse: Fosfomycine, sulfamethoxazole, FQ

Haute: C3G, FQ

Focus sur les bactéries fréquentes et/ou graves