Essentielles en Bactériologie - Mathilde Lescat

Mathilde Lescat MCU-PH BACTERIOLOGIE Université Sorbonne Paris Nord

Les notions essentielles à connaître en BACTERIOLOGIE MEDICALE

En déduire les pathologies dues à ces bactéries et prédire les traitements antibiotiques à mettre en place pour une infection due à ces bactéries

Savoir identifier les sites environnementaux / commensaux dans lesquels évoluent les bactéries en dehors de toute infection

Connaître les caractéristiques bactériologiques essentielles des bactéries (Gram,croissance, résistances aux ATB) et en déduire la démarche diagnostic au laboratoire

Objectifs pédagogiques

Microorganisme procaryote (pas de noyau) avec un chromosome +/- plasmides La plupart des bactéries sont colorables et visibles grâce à la coloration de Gram (sauf les Mycobactéries, les bactéries intra incellulaires) Caractères respiratoires variés (aérobie strict, aérobie anaérobie et anaérobie stricts) Exigences de cultures différentes (présence ou non en O2, mileux très nutritifs, suppléments en C02) (germes fragiles/ exigeants: hémophiles, méningocoque, gonocoque)

Caractéristiques de bases d'une bactérie

Treponema pallidum Borrelia burgdorferi Leptospires Helicobacter pylori

Spirochètes,spiralés

Chlamydiae sp, Mycoplasma sp Legionella pneumophila Ricketsiae, Coxiella sp

Intracellulaires

Entérobactéries Parvobactéries (Hémophiles, HACCEK, Pasteurelle, Brucellla melitensis, Bartonella sp) Campylobacter sp aérobie stricts (Pseudomonas aeruginosa) Anaérobies (Bacteroides sp, Prevotella sp...)

Corynebactéries Listeria monocytogenes Anaérobies (Clostridium sp)

Méningocoque Gonocoque Anaérobies (Veillonella sp)

Mycobactéries

Intra cellulaires

bacilles Gram +

coccis Gram -

bacilles Gram -

coccis Gram +

Lorem ipsum

Lorem ipsum

Lorem ipsum

Staphylocoques Streptocoques Enterocoques Anaérobies (Peptostreptococcus sp)

Les grandes familles de bactéries

Microbiote digestif: Estomac: Helicobacter pylori Colon Anaérobies ++++( Bacteroides sp, Clostridium sp...) Entérobactéries (E. coli) Entérocoques (Enterococcus faecalis)

Microbiote vaginal: Lactobacilles+++, Mycoplasmes, entérobactéries et entérocoques de manière transitoire

Microbiote oropharyngé/nez: Streptocoques, Neisseria sp, Hémophiles, Staphylocoque doré , Chlamydiae, Mycoplasmes, Anaérobies (Veillonella sp...)

Microbiote cutané: Staphylocoques à coagulase négative, corynebactéries

Les grands sites commensaux

Chhlamydiae psitacci

Leptospires,

Coxiella burnetti Brucella melitensis Escherichia coli O157:H7

Pasteurella multocida, Bartonella henselae

Rickettsia sp, Borrelia sp

Rickettsia sp Yersinia pestis

Les grands sites commensaux chez les animaux

Vibrio cholerae, Aeromonas hydrophila

Legionnella pneumophila

Listeria monocytogenes

bacilles à Gram négatif aérobie strict

Les bactéries saprophytes de l'environnement

Infections urinairess Entérobactéries (E. coli) entérocoques (E.faecalis), StreptoB Staphylococus saprophyticus

Endocardites Streptocoques, Staphylocoques, HACCEK

Infections méningées (adulte, enfant) Pneumocoque, méningocoque, Listéria

Infections digestives Ulcères: Helicobacter pylori Extraintestinales: Anaérobies, entérobactéries, entérocoques Diarrhées: Salmonelles, Shigelles, Yersina enterocolytica, Campylobacter sp

Infections génitales hautes et basses Gonocoques, Chlamydiae, Syphilis, Entérobactéries, Anaérobies (hautes+++) Infections materno foetales: E. coli, Strepto B, Listeria

Infections pulmonaires: Communautaires: Pneumocoque, Haemophilus influenzae, atypiques (Chlamydiae, Mycoplasmes, Legionelle) Nosocomiale : Entérobactéries Staphylocoque doré, Pyo

Infections cutanées: Staphylocoques doré, Streptcoque groupe A

Les principales infections

Rendu définitif de nombreux prélèvements (PV, cutanés, pulmonaires, hygiène...) si négatif

Rendu définitif des hémocultures négatives : 5 jours

Rendu définitif des ATBg pour la plupart des Hc Rendu définitif des ECBU si négatif

Exception pour les Hc: Id possible pour BGN et S. aureus

Délai de rendu des diagnostics directs

Rendu des cultures lentes (Nocardia, Actinomyces jusque 14j, légionelles, 10j) et difficiles (ex germes des infections osseuses en 14j) Identification d'espèce par 16S

Lecture des ATBg Tests complémentaires (carbapénémases, HCASE, CMI)

Observation des cultures Identification d'espèce par MALDI TOF Tests complémentaires (β LACTA test ,PLP2a, carbapénémases...) Lancement des ATBg

J3 et plus

J2

J1

Examen direct (Gram, cytologie+/-formule), mise en culture Recherche d'Ag (Pneumo, Legio, C.dif) Bio mol (CTNG, strepto B, toxine C.dif, SARM, BHRE...)

JO (à partir de réception pvt ou positivité de l'Hc)

Rendu éventuels des recherches complémentaires de résistances aux antibiotique

Rendu de la plupart des ECBU + Lecture des ATB Tests complémentaires (bio mol, Ag)

Rendu des cultures negatives ou Lancement des ATB si ECBU+

J3

J2

J1

Examen direct (Gram, leucocytes) puis mise en culture

JO à partir de la réception du prélèvement au laboratoire

Exemple avec un ECBU

Incubation dans un automate sans ED

Positivité possible à partir de 5-6h d'incubation minimum

J5 du prélèvement Rendu définitif des hémocultures négatives (15j pour les suspicions de germes à croissance lentes)

JO du pvt

J1 Labo

J2 Labo

Lecture des ATB des cultures polymicrobiennes et ou anaérobies

Observation des cultures : identification des espèces et lancement des ATBg pour bactéries de cultures polymicrobiennes Rendu des ATBg pour la majorité des Hc qui sont monomicrobiennes

Examen direct (Gram) Pour les BGN: Identification d'espèce et recherche de résistance aux C3G par β LACTA test Pour les CGP type staph, identification par coagulases : + possible en 2h Lancement des cultures et ATBg

Jour de la positivité de l'Hc= JO Labo

Exemple avec une hémoculture

• IGRA (Quantiféron ou TB spot)

Dosage d'interféron

• Bartonella sp
• Borrelia burgdorferi
• Brucella sp
• Chlamydia pneumoniae
• Coxiella burnetti
• Legionnella pneumophila
• Leptospira sp
• Mycoplasma pneumoniae
• Risckettsia sp
• Treponema pallidum

Sérologies

Les diagnotics indirects

Les grandes familles d'ATB

Efflux, Impermeabilité

Enzymes

Modification de la cible

Diminution de la concentrationde l'ATB

Destruction de l'ATB

Nouvelles cibles, ou modification de cibles existantes

Les grandes résistances aux antibiotiques

Epidémiologie de l'antiobiorésistance en France des principales bactéries d'intérêt médical

les ERV

les Enterobactéries productrices de carbapénémases

les Enterobactéries productrices de BLSE

les Pyos multi R les Acinetobacter baumanii multiR

les SARMs

Les BMR (bactéries multi résistantes)

• Entérobactéries productrices de BLSE
• touchent les espèces E. coli +++ et Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae....
• dépistage rectal
• hydrolyse des Blactamines par acquisition plasmidique de gènes codant pour BLSE (CTX-M++, TEM, SHV)
• dépistage rapide par BlactaTest (sur culture ou hémoculture positive)
• résistances à toutes les Blactamines sauf carbapénèmes et céfoxitine, association avec résistance aux FQ et aminosides
• dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par carbapénèmes à réévaluer +++

les EBLSE

Les BMR

les bactéries productrices de carbapénémases

• dispersion chez Entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumanii
• seules les entérobactéries font partie des BHRe
• dépistage rectal
• hydrolyse des Blactamines par acquisition plasmidique de gènes codant pour carba (OXA-48, KPC, NDM-1, IMP, VIM)
• dépistage rapide par biologie moléculaire (Cepheid)
• résistances à toutes les Blactamines, association avec résistance aux FQ et aminosides
• dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par carbapénèmes + colistine, à réévaluer +++

Les BMR

• Entérocoques résistants résistants à la vancomycine
• appartiennent aux BHRe (Bactéries Hautement Résistantes émergentes)
• touche les espèces E. faecium +++ et E. faecalis
• dépistage rectal
• modification de la cible par ajout des gènes vanA et vanB
• dépistage rapide par biologie moléculaire (Cepheid)
• dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par linezolide

les ERV

Les BMR

Infections urinaires Basse: Fosfomycine, sulfamethoxazole, FQ Haute: C3G, FQ

Endocardites C3G, Amoxicilline+ aminoside

Infections méningées (adulte, enfant) C3G, vancomycine, amoxicilline

Infections digestives Amoxicilline-clavulanate, C3G+flagyl, Tazocilline

Infections génitales hautes et basses Basse: tetracycline, macrolide, FQ (CT) C3G (gono) Haute: C3 + flagyl + tetracycline Infections materno foetales: C3G, amoxicilline

Infections pulmonaires: Com: Amoxicilline-clavulanate, amoxicilline, C3G, Macrolide Nosoc: Tazocilline

Infections cutanéees Amoxiciiline, Amoxicilline-clavulanate

Les principaux traitements en 1ère intention

Focus sur les bactéries fréquentes et/ou graves